واحد حسابداری یکی از بخش‌های موسسه در جهت اجرای اصول شفافیت و پاسخگویی است که مجهز به سیستم نرم‌افزار یکپارچه مالی و سامانه حسابداری می باشد . گزارش مالی همواره در دسترس می باشد . در این بخش یک شماره حساب حقوقی در بانک ملت به شماره 9394526271 و شماره کارت 6104337387820507 و شبای IR630120000000009394526271 به نام موسسه خیریه کودکان اتیسم افتتاح شده و کلیه ورود و خروج های مالی منطبق بر اصول حسابداری علمی و با امضای مشترک و مهر موسسه انجام می شود .
تراز ماهیانه ، شش ماهه و سالیانه به طور منظم تهیه و تنظیم می گردد .در این واحد کلیه خرید ها ، موجودی انبار ، امین اموال به طور روزانه رصد می گردد .
